Краткая историческая справка
Образовательное учреждение находится на территории Московского района города Чебоксары, имеет закреплённый участок для набора детей в первый класс.
Средняя общеобразовательная школа №39 была открыта 1 сентября 1977 году. Директором школы был назначен Шебалов Е. М., проработавший до 1983 года. Заместителем директора была Игнатьева Л. Ф., ставшая позже директором и проработавшая в должности до 1990 года.
В 1990 году школу возглавил Михайлов В. В. В это же время в школе открываются юридические и лицейские классы.
С 1992 года на принципах самоуправления и добровольности функционирует Ассоциация детей, родителей и учителей «Радуга». Ассоциация создана с целью обеспечения благоприятных условий для всестороннего развития личности, учитывая возможности и желания. Основная форма – клубная система. Основу клуба составляют кружки, секции, студии, объединения по интересам. В настоящее время в школе работает 6 кружков.
Через два года школа получила статус «Учебно-воспитательного комплекса №39».
С 2000 года школа становиться «Средней общеобразовательной школой № 39 с углубленным изучением отдельных предметов».
В 2011 году на основании постановления главы администрации города Чебоксары от 31.08.2011 №372 школа переименована в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа №39 с углубленным изучением отдельных предметов» города Чебоксары Чувашской Республики.
В 2017 году директором школы стала Буданцова А.А.